Параллельное развитие химии, биологии, физиологии и практической (клинической) медицины привело к тому, что на рубеже XVIII – XIX вв. были сформированы два основных направления в патологии.
Классическое клинико-анатомическое направление привело в формированию в XIX в. патологической анатомии как самостоятельной отрасли медицины. Этот период связан с деятельностью талантливых и увлеченных ученых-практиков: Ж. Крювелье, К. Рокитански, К. В. Лебедева, Н. И. Пирогова, А. И. Полунина. Было выпущено несколько атласов, написаны первые учебники. Переломным моментом в этом направлении и точкой отсчета современной патологической морфологии следует считать создание Р. Вирховым теории клеточной патологии.
Экспериментальное, физиологическое направление стало ветвью общего экспериментального методологического подхода в научном познании и сосредоточило свои усилия на раскрытии механизмов патологических процессов. Крупные обобщающие работы опубликованы П. Мажанди, К. Бернаром, Л. Каллиотом. Методики этого времени были весьма травматичными, исследования могли проводиться только на животных, однако привлекали глубиной проникновения в процессы, идущие в живом организме. Уже к 70-м годам XIX в. в России на медицинских факультетах университетов ведется преподавание патологической физиологии, выпущены первые учебники по этой дисциплине. Автор одного из них В. В. Пашутин только с экспериментом связывал прогресс патологии, считая, что патологическая анатомия «предназначена заменить» общую патологию. Позже почти аналогично высказывался И. П. Павлов.
Дальнейший прогресс науки, связанный с работами известных приверженцев экспериментально-физиологического направления в патологии (У. Кенном, Г. Селье, Н. Н. Сиротинин, А. А. Богомолец, А. Д. Адо, В. А. Неговский) и клиницистов-морфологов (А. И. Абрикосов, И. В. Давыдовский, В. В. Серов, Д. С. Саркисов), привел к формированию интегративных представлений, которые и определяют основные черты современной патологии.
1. Общая патология все больше приобретает междисциплинарный, интегрирующий характер. Она все более становится философской базой медицины.
2. Активное изучение и вмешательство в патологические процессы стали возможны в клинических условиях, в связи с чем эксперимент в равной мере используется патофизиологами и патоморфологами.