Роль кишечника состоит в транзите пищевого химуса, поступившего из желудка, переваривания его кишечными соками, содержащими специфические ферменты, всасывание питательных веществ и воды из химуса, выделение непереваренных субстанций и шлаков из организма.
Пища почти полностью переваривается и всасывается в тонкой кишке, за исключением некоторых веществ, например нерастворимой растительной клетчатки. Небольшое количество пищевого химуса подвергается гидролизу в толстой кишке за счет ферментов, поступивших из тонкой, а также сока самой толстой кишки. Он состоит из жидкой и относительно плотной (слизистые комочки из отторгнутых эпителиальных клеток и слизи, продуцируемой бокаловидными клетками) частей, имеет щелочную реакцию (рН 8,5–9,0). Основное количество ферментов содержится в плотной части. В соке толстой кишки нет энтерокиназы и сахаразы; щелочной фосфатазы намного меньше, чем в тонкой. В небольшом количестве содержатся катепсин, пептидазы, липазы, амилаза и нуклеазы. С соком выделяется некоторое количество фосфолипидов. Соковыделение в толстой кишке обусловлено механическим раздражением слизистой оболочки кишечным химусом. Вне механического раздражения он выделяется в незначительном количестве. При раздражении секреция увеличивается в 8–10 раз.