Массовые репрессии Грозного обрушились прежде всего на оставшихся Рюриковичей. Большинство их было казнено или сослано, некоторые (Курбский) бежали в Литву. Разгром аристократии, учиненный Грозным, выбил все наиболее заметные фигуры, всех возможных лидеров и вождей, оставив людей духовно и нравственно мелких, подобно тому, как после вырубки мачтового леса отрастает кустарник. Поэтому прекращение Московского дома открыло дорогу к трону другим фамилиям, выдвинувшимся в царствование Грозного, Годуновым и Романовым, вступившим между собою в ожесточенную борьбу.
Пресечение Московского дома было делом рук Ивана Грозного. Ненамеренное убийство в гневе наследника престола царевича Ивана пресекло главную линию, так как потомства у царевича не было. Остались младший брат царевича Ивана – Феодор и младенец Димитрий от последней седьмой жены Грозного Марии Нагой. Линия двоюродного брата Ивана Грозного – князя Владимира Андреевича Старицкого, была полностью уничтожена по приказу царя в ходе опричнины: был убит сам князь Владимир с матерью, женой, детьми и домочадцами.
Царевич Феодор Иоаннович не был подготовлен к делу правления: «Се не царь, а пономарь», – говорил про него отец. Рано лишившись матери, он провел юность в Александровой слободе, среди кровавых оргий отца с опричниками. Забитый, запуганный отцом и его подручными, Феодор пережил тяжелые душевные потрясения. Дабы отвести от себя подозрения и гнев отца, он приучился юродствовать, закрываясь маской дурачка от злобы человеческой. Он не был слабоумным, но сломленным, с травмированной психикой, с подавленной волей, и был неспособен к принятию самостоятельных решений и к управлению другими людьми. Кроткий и тихий, добрый и молитвенный, во многом не от мира сего, он не был готов к делу государственного правления, не мог держать в своих руках царского скипетра. Символично, что на коронации он, устав, отдал тяжелые для него государственные реликвии – скипетр и державу – в руки Годунова.
Шурин царя Феодора Борис Годунов был другим продуктом той же тиранической системы правления Грозного. Дядя его занимал важный пост постельничего, т. е. был начальником дворцовой охраны и сумел хорошо пристроить своих племянников. Сестра Бориса – Ирина – стала женой царевича Феодора, сам Борис был зятем Малюты Скуратова и имел прочные связи в сыскном ведомстве. Он никогда не служил в войсках, не был в походах или на дальних воеводствах, а провел всю жизнь при дворе, продвигаясь на поприще политического сыска и дворцовых интриг.