Известно, что незадолго до смерти Грозный учредил при сыне Феодоре опекунский совет – семибоярщину, куда включил и Бориса Годунова. Первым указом царя Феодора после вступления на царство было присвоение Борису титула «правителя» и передача ему всех дел управления государством. Такое положение дало возможность Годунову постепенно без большого шума устранить всех своих конкурентов и просто недовольных им лиц, начиная с Московского митрополита Дионисия и знаменитого воеводы И.И. Шуйского и кончая старыми подельщиками по опричнине боярина Богдана Бельского и дьяка Щелкалова. Одни противники Годунова, например, князья Шуйские или бояре Романовы, были тайно умерщвлены в ссылках, другие отстранены от дел и запуганы возможной расправой. Все совершалось именем царя Феодора и руками бывшей опричной агентуры.
В ряду преступлений Годунова особо стоит убийство отрока-царевича Димитрия в Угличе. Известно, что по церковным канонам седьмой брак Грозного был незаконным (Церковь подтвердила незаконность уже четвертого его брака).
Мария Нагая поэтому не называлась царицей. Тем не менее при отсутствии собственных детей у царя Феодора отрок Димитрий оставался единственным его наследником. Поэтому он препятствовал Годунову в его планах по смерти царя Феодора самому занять престол. Исходя из методов Годунова по ликвидации своих соперников и применяя известный принцип при расследовании преступлений: «Кому это выгодно?» – можно с большой достоверностью предположить, что инициатором убийства царевича Димитрия был Борис Годунов. Комиссия по расследованию, посланная Годуновым и возглавляемая князем Василием Шуйским, дала ложное заключение о случайном самоубийстве царевича и обрушила репрессии на свидетелей – жителей Углича, многие из которых были сосланы в Сибирь. Святость царевича Димитрия, как страстотерпца, была позднее подтверждена нетлением его мощей и чудесами, чего не могло быть с самоубийцей.
Беспощадная борьба за власть, коварство и жестокость не мешали Годунову быть государственно мыслящим деятелем, волевым и энергичным, проницательным и осторожным политиком. Отрицательные нравственные качества совмещались у него с положительными деловыми способностями. Время его правления отмечено несомненными успехами во внутренней и внешней политике государства.