Археологические памятники показывают, что народы, населяющие Малаккский полуостров, достигли весьма высокой степени развития уже в глубокой древности.
Индонезийские острова также являлась областью обитания древнейших антропоидов: питекантропа, костные остатки которого найдены в отложениях четвертичного периода на острове Ява. Древнейшими свидетельствами деятельности человека служат обнаруженные на Суматре, Яве, Борнео грубо обработанные ручные рубила, восходящие к эпохе нижнего палеолита. В эпоху неолита древние обитатели индонезийских островов занимались собирательством, охотой и рыболовством, о чем говорят обнаруженные в пещерах и на речных стоянках кости диких животных и кучи раковин съедобных моллюсков. Найденные там же орудия труда представлены наконечниками стрел и рыболовными крючками из кости, рога, ножевидными пластинами, скребками из камня и раковин. В конце неолита (2-е тысячелетие до н. э.) появляются каменные полированные орудия. К концу бронзового века (около начала нашей эры) в прибрежных районах наиболее крупных островов, теснее связанных с Индией и более развитых экономически, создается довольно высокая материальная культура, памятниками которой являются дольмены, менгиры, а также каменные изваяния. В этих же районах в начале нашей эры началась обработка железа.
«Человек флоресский», которого также прозвали «человеком-хоббитом» из-за внешнего вида, может оказаться не представителем отдельного вида людей карликового роста, а больным синдромом Дауна. Останки ископаемого гоминида были найдены в 2003 году в Индонезии. Мнение ученого сообщества разделилось: одни полагают, что «человек флоресский» представляет вид людей, живших в островной изоляции (останки обнаружили на острове Флорес) в то время, когда на планете остались только Homo sapiens. Другие полагают, что необычный облик человека объясняется врожденной патологией, например, синдромом Дауна. Дело в том, что других останков представителей этого вида найдено не было, поэтому исследователи считают, что один череп не является основанием говорить о целом виде людей. В числе фактов, говорящих о возможных пороках развития, – асимметрия, небольшой размер мозга, низкорослость. Низкорослость и маленький объем мозга встречаются как минимум в 50 различных синдромах. Установление истины усложняет то, что власти Индонезии закрыли доступ к костям гоминида. Сначала ученые полагали, что «человек флоресский» страдал от карликовости Ларона, однако потом, основываясь на трех симптомах: черепнолицевой асимметрии, уменьшенном объеме мозга и коротких бедренных костях – начали склоняться к версии с синдромом Дауна. Поскольку рост флоресского человека не сильно отличался от нормы, то различия могут объясняться именно этой болезнью. Предполагается, что «человек-хоббит» жил на Земле 74—12 тысяч лет назад.