В ответ клан Корлеонези в начале 1990-х годов переформировал остатки «Коза ностра» и объявил настоящую террористическую войну государственным структурам. Самыми знаменитыми из покушений стали убийства вернувшегося из Рима судьи Джованни Фальконе и Паоло Борселлино. Фальконе был убит на автостраде близ аэропорта Пунта-Раиси (ныне аэропорт Фальконе-Борселлино) 23 мая 1992 г. взрывом заряда взрывчатки массой около 600 кг. Вместе с ним погибли жена и полицейские эскорта. Борселлино взорвали вместе с эскортом возле собственного дома на виа Д’Амелио 19 июля 1992 г. Через несколько лет на месте убийства на автостраде Палермо – Капачи установлены два гранитных обелиска в память о погибших борцах с мафией.
Государство ответило крупной военной операцией: в 1992–1998 гг. на Сицилии находилось около 20 000 солдат. Террористические акты прекратились в октябре 1993 г. Пришедший к власти в «Коза ностра» Бернардо Провендзано изменил тактику, прекратив бесполезные, по его мнению, войны.
Харизматический лидер «Коза ностра» добился, чтобы богатые отделения организации отдавали часть прибыли более бедным. «Коза ностра» вообще стала беднее (по сравнению с годами безконкурентного господства в наркотрафике), а потому действует жестче и тщательнее. Основной способ «работы» – проникновение в руководящие круги административных и финансовых органов. Нельзя не отметить успехов властей в борьбе с мафией. В 2006 г. был арестован Провендзано, а в 2007 г. – его предполагаемый наследник Сальваторе Ло Пикколо.
Согласно показаниям раскаявшихся бандитов, современная «Коза ностра» состоит из так называемых уважаемых людей (уомини д’оноре). Структура организации пирамидальна. В основании ее – семьи, в которых все «родственники» лично знают друг друга. Семьей руководит глава (капо-фамилья); должность его выборная. Главе помогают соттокапо («меньшой голова») и советники числом не более трех. Семьи разделяются на группы по 10 человек (десятки), во главе которых стоит десятник (капо-дечина). Три территориальных семьи образуют округ (мандаменто), которым руководит окружной голова (капо-мандаменто).
До недавнего времени окружной голова, во избежание фаворитизма, не входил ни в одну из семей. Окружные главари какой-либо провинции образуют провинциальную комиссию, или колпак (куполе).