Ф. Е. Рыбаков был активным сторонником использования психологических методов в процессе диагностики душевных болезней. Важно отметить, что внедрение этих методов в практику вызывало серьезное неприятие со стороны многих психиатров. Поэтому значительным событием для пропаганды применения тестов в психиатрии и педагогике стала организация в 1910 г. вместе с Г. И. Россолимо (1860—1928) и главным врачом Центрального полицейского приемного покоя для душевнобольных А. Н. Бернштейном (1870— 1922) Общества экспериментальной психологии. Г. И. Россолимо принадлежит заслуга создания методики «психологических профилей» (1910) (в виде кривых, построенных по результатам выполнения одиннадцати тестов), получившая известность не только в России, но и за рубежом. А. Н. Бернштейн, будучи последователем нозологического подхода Э. Крепелина, планировал создать «формально-психологические схемы душевных болезней», для чего разрабатывал собственную стандартизированную методику клинической диагностики (Бернштейн, 1908).
В этом же русле был создан «Атлас», который должен был способствовать совершенствованию диагностики, установлению границы между нормой и болезнью (Рыбаков, 1905. C. 5—6). В накаленной атмосфере общественного кризиса одни уповали на революцию, другие, к которым принадлежал и Ф. Е. Рыбаков, – на меры психогигиены, совершенствование культуры: «История человечества показывает: чем ниже место человека на лестнице культурного развития, тем менее он способен подавлять своего зверя; чем более он цивилизован, тем легче и свободнее он им управляет» (Рыбаков, 1908. С. 21).
В 1911 г. после ухода В. П. Сербского (1858—1917) в отставку в знак протеста против притеснений студенчества Ф. Е. Рыбаков был назначен на его место в клинике и на кафедре, оказавшись в оппозиции большинству сотрудников, не желавших поддерживать нового директора. Конфликт, в частности, выразился в том, что традиционные конференции московских психиатров были перенесены из университетской клиники в другое место. На некоторое время Ф. Е. Рыбаков оказался в изоляции – он не участвовал в съезде Союза психиатров, в Международном конгрессе по призрению душевнобольных, проходившем в Москве в 1913 г.
Еще одним важным событием в жизни Ф. Е. Рыбакова было создание Московского института психиатрии, который был учрежден постановлением коллегии научного сектора Наркомпроса РСФСР от 30 марта 1920 г. «О преобразовании Психоневрологического музея в Московский психоневрологический институт». Директором института был назначен Ф. Е. Рыбаков, который разработал подробный план, включавший, наряду с клиническими направлениями исследований, изучение психофизиологии труда и учебно-педагогическую деятельность. Внезапная смерть помешала ему осуществить эти планы.