Основной целью поездки в Рим было составление отчета о необычном кризисе, имевшем место при дворе папы. Папа Александр VI умер в августе, его преемник, Пий III, пробыв на посту не более месяца, тоже скончался. Флорентийская синьория в нетерпении ожидала ежедневного бюллетеня – отчета о событиях, по которым можно было судить, что произойдет далее, особенно после того, как Борджиа резко поменял союзников и согласился поддерживать кандидатуру кардинала Джулиано делла Ровере. Такое развитие событий являлось потенциальной угрозой интересам Флоренции, поскольку поддержка герцога была куплена ценой обещания ему чина генерал-капитана папской армии в случае, если будет избран Ровере. Было очевидно: если Борджиа займет этот пост, последует новая серия разрушительных военных кампаний на границы Флоренции.
Первые донесения Макиавелли соответственно касались заседания конклава, на котором Ровере был избран «подавляющим большинством» и стал папой Юлием II (L 599). Тут же внимание общественности переместилось на противостояние, которое начало развиваться между новым папой и Борджиа. Макиавелли наблюдал, как эти два мастера интриг старались обмануть друг друга, и понял, что его сомнения по поводу вечной удачливости герцога полностью оправдались. Борджиа выказал себя плохим провидцем, не сумев предугадать опасности от союза с Ровере. Макиавелли напомнил Коллегии Десяти, что понтификат, возглавляемый отцом герцога, Александром VI, отправлял кардинала в ссылку на десять лет. Макиавелли добавил, что вряд ли Ровере смог забыть это унижение, пусть сейчас он и выглядит поистине благосклонным, вступив в альянс с сыном своего врага (L 599). Однако самым серьезным критическим аргументом Макиавелли стало то, что даже в этой сложной ситуации Борджиа продолжал высокомерно рассчитывать на непоколебимое действие своей счастливой звезды. Поначалу Макиавелли просто отмечал, с некоторым для себя удивлением, что «герцог позволяет себе быть ведомым своей колоссальной самонадеянностью» (L 599). Спустя две недели во владениях Борджиа в Романье начался бунт, и Макиавелли в язвительных тонах писал, что «герцог вошел в ступор» – «удача повернулась к нему спиной, к чему он совершенно не привык» (L 631). К концу месяца Макиавелли пришел к выводу, что удары судьбы окончательно лишили Борджиа здравого смысла, настолько, что тот стал неспособен придерживаться ни одного твердого решения, и 26 ноября Макиавелли понимает, что в состоянии уверить Коллегию Десяти, что «с этого момента она может действовать, не считаясь с притязаниями Борджиа» (L 683). Неделю спустя Макиавелли в последний раз обращается к теме Борджиа, лишь заметив, что «герцог понемногу соскальзывает в могилу» (L 709).