В мае 1934 года Отто Скорцени женился на 19-летней Маргарит (Грета) Шрейбер, с которой он был знаком уже 4 года. После венчания молодожены отправились в свадебное путешествие в Италию.
11 февраля 1938 года Гитлер вызвал в Берхтесгаден канцлера Австрии Курта фон Шушнига. Гитлер потребовал от фон Шушнига освободить всех австрийских национал-социалистов и назначить австрийского нациста Артура Зейсс-Инкварта министром внутренних дел. Шушниг понимал, что за этими требованиями последуют и другие, но, желая выиграть время, выполнил их. Обстановка продолжала накаляться. 24 февраля он решил пойти ва-банк и объявил о проведении 13 марта 1938 года плебисцита о независимости Австрии. Это вызвало гнев Гитлера и ускорило присоединение (т. н. аншлюс) Австрии. 10 марта 1938 года Шушниг объявил мобилизацию призывников, а 11 марта Гитлер потребовал от него отмены плебисцита, роспуска существовавшего правительства и создания нового правительства во главе с Зейсс-Инквартом. В 20.00 Зейсс-Инкварт призвал полицию и национал-социалистические силы обеспечить порядок. Нацисты, и в их числе Скорцени, начали захват стратегически важных пунктов в Вене. А уже на рассвете 12 марта немецкая армия перешла границу Австрии. Гитлер объявил о воссоединении Австрии и Германии.
Уже вечером 12 марта 1938 года судьба дала Скорцени шанс войти в историю. Он получил задание обеспечить порядок в президентском дворце и пресечь возможные столкновения между представителями старой и новой власти. Во главе отряда из 89-го штандарта СС Скорцени прибыл в президентский дворец вслед за измученным президентом. Он сумел убедить президентскую охрану не оказывать ему сопротивления и велел запереть ворота дворца.
– Спокойствие, господа! – воскликнул Скорцени. – Господин президент, пожалуйста, выслушайте меня!
– Кто вы и чего хотите? – спросил президент Вильгельм Миклас.
– Разрешите представиться – инженер Скорцени. – ответил Скорцени. – Я являюсь посланцем федерального канцлера дабы защитить вас, господин президент. Могу ли я позвонить канцлеру? Он засвидетельствует, что я нахожусь здесь по его поручению.
В это время к дворцу прибыли грузовики со штурмовиками из Флорисдорфа, собиравшимися взять охрану президента на себя. Скорцени успокоил охранников, президента и штурмовиков. В телефонном разговоре канцлер попросил Скорцени остаться во дворце на некоторое время и возглавить его охрану. Некоторое время затянулось на 3 дня и 3 ночи. 29-летний Скорцени уже думал, что он вошел в мировую историю с парадного входа, и надолго…