Находясь на курсах, 2 сентября 1942 года он был награжден медалью «За зимовку на Востоке» – общей наградой для ветеранов зимы 1941–1942 гг. на Восточном фронте. В сентябре оберштурмфюрера СС перевели в V дивизион танкового полка дивизии СС «Тотенкопф». Пребывание Скорцени на фронте в этот раз было совсем недолгим – Скорцени опять расхворался. 11 февраля 1943 года больной Скорцени был переведен в автомобильный учебно-запасной дивизион СС в Веймаре-Бухенвальде, в котором прибывал до апреля 1943 года. Частые болезни Скорцени дали повод злым языкам обвинять его в нежелании находиться на фронте. Не имея на руках истории болезни Скорцени, сложно отрицать или утверждать это, укажем лишь, что обострение болезни происходило в зимние месяцы на Восточном фронте, после первой русской зимы 1941–1942 гг. В личном деле отражен еще один довольно занятный момент – 16 июля 1942 года в отношении него было прекращено судебное расследование СС о самовольном оставлении воинской части, но вот когда и при каких обстоятельствах он совершил этот проступок, не говорится.
В начале 1943 года, после разгрома 6-й немецкой армии в Сталинграде, Скорцени вновь оказался в малоприятном положении. 4 февраля 1943 года в Германии был объявлен трехдневный траур по войскам, потерянным в городе на Волге. Пока вся страна скорбела по своим солдатам, Скорцени напился в одном из баров и был задержан патрулем в состоянии сильного алкогольного опьянения. За свое безобразное поведение Скорцени был помещен под арест на 8 дней. Казалось бы, после таких «славных дел» в карьере можно было ставить жирную точку, но судьба распорядилась по-другому.
Вот уже больше года, как я был не у дел. Ослабевший после дизентерии, подхваченной в последнюю русскую кампанию, я смирился с приговором врачей, признавших меня негодным, во всяком случае сейчас, к службе в боевых частях. В должности военного инженера я прозябал в тыловой части под Берлином. Когда осенью 1942 года я узнал, что дивизии СС будут превращены в танковые, то направил рапорт с просьбой разрешить мне пройти курсы танковых офицеров. Затем мне удалось получить назначение в 3-ю танковую дивизию СС. Вскоре, однако, новый приступ дизентерии показал, что мое состояние не позволяет выдерживать чрезмерные нагрузки. После нескольких недель, проведенных в госпитале, я был снова отправлен в свою берлинскую часть. К счастью, ненадолго.