Чувствуя крайнюю слабость и потеряв надежду на улучшение здоровья, он в декабре 1847 года подал прошение об оставлении его в обители за штатом. На основании заключения уездного врача Калужское епархиальное начальство признало иеромонаха Амвросия неспособным ни к каким монастырским послушаниям и постановило исключить его из штата братии Оптиной Пустыни, оставив его на пропитании и призрении обители.
В это время отцу Амвросию было всего только 36 лет. С тех пор он уже не мог совершать Литургии; еле передвигался, страдал от испарины. Не выносил холода и сквозняков. Пищу употреблял жидкую, перетирал теркой, вкушал очень мало… Но подвижник никогда не унывал и признавался, что телесная немощь благотворно действует на его душу.
Через некоторое время, неожиданно для всех, больной начал потихоньку поправляться и даже выходить на улицу для прогулок. Батюшка вспоминал, как он в первый раз вышел на воздух летом 1848 года: «В летний ясный тихий день вышел я впервые из келлии и побрел, опираясь на палку, едва передвигая ноги, по дорожке за сажелкой. (Это самая уединенная дорожка внутри скита, вдоль восточной стены.)
Первым навстречу мне попался игумен Варлаам (бывший Валаамский настоятель). "Ну, что, – спрашивает, – поправляешься?" – "Да, вот, —отвечаю, – слава Милосердому Богу, оставил на покаяние". Отец игумен остановился и, глядя на меня, начал говорить смиряющим тоном: "А что ж ты думаешь, – лучше что ли будешь? Нет, не будешь лучше: хуже, хуже будешь". Вот теперь и сам вижу, что стал хуже».
В дальнейшем приступы болезни неоднократно повторялись, иногда угрожая жизни подвижника. Это положение сильнее аскетических подвигов способствовало его духовному укреплению, он, можно сказать, привык находиться на грани жизни и смерти, что само по себе освобождает от всяких земных привязанностей, заставляет жить одной надеждой на помощь Божию.
Отец Амвросий переносил болезнь без ропота, с благодарностью Господу. Всё это время незримо происходило возрастание в немощном телесно монахе разнообразных духовных дарований. Несмотря на это, он не только не скорбел о своих болезнях, но даже считал их необходимыми для своего духовного преуспеяния. И другим, поэтому всегда говорил: «Монаху не следует серьезно лечиться, а только подлечиваться», для того, конечно, чтобы не лежать в постели и не быть в тягость другим. Так и сам он постоянно подлечивался.