Хотя план нижней церкви в определенном смысле нарушается толстыми стенами, сооруженными в 1100 году для поддержания стен новой базилики, тем не менее хорошо видно, что этот план почти полностью совпадает с планом верхнего храма. Двор церкви IV века еще не раскопан, но мы имеем нартекс, неф, состоящий из трех приделов, и полукруглую апсиду. Когда отец Малули удалил землю, заполнявшую помещения, ему пришлось соорудить подпорки, чтобы верхняя церковь не обвалилась, и они тоже сильно затрудняют обзор. И все-таки подземный храм производит потрясающее впечатление. Бродя по слабо освещенным пещерам, которые когда-то были нефами большой церкви, мы понимаем, что вернулись на шестнадцать веков назад! Но, спустившись по скромной железной лестнице в конце южного придела, мы перенесемся еще на триста лет в глубь веков.
Мы стоим в пронаосе, или вестибюле храма бога Митры, созданного в конце II века н.э. Напротив располагается триклиниум, или трапезная, которая была центром этого храма. Это маленькая комната со сводчатым потолком и лавками по стенам. В центре комнаты мы видим алтарь с прекрасным барельефом, на котором изображен Митра, убивающий быка.
Культ бога Митры был одной из тех таинственных религий, которые смели с лица земли позднюю Римскую империю. Это был культ, основанный на высоких моральных принципах, среди которых главенствовал принцип спасения. Митра, бог, рожденный из камня, получил от Аполлона приказ убить быка, владевшего жизнью. Кровь этого быка породила растения, животных и все остальные живые существа, а Митра был вознесен на небеса. Храмы этого культа назывались митреумами и располагались в пещерах, искусственных или естественных, которые олицетворяли Вселенную. В митреуме Святого Клемента эту идею олицетворяют изображенные на оштукатуренном потолке звезды. Почитатели бога Митры сидели на скамьях и вкушали жертвенную пищу, которая, возможно, была чисто символической. Культ этого бога был очень популярен в Риме, ибо он давал людям надежду на то, что жизнь после смерти не кончается. В Остии, морском порте Рима, имеется семнадцать митреумов. Впрочем, спастись после смерти могли только мужчины – женщинам в этом было категорически отказано. Этот культ был очень популярен среди солдат.
Еще одна комната на самом нижнем этаже тоже, вероятно, была связана с храмом Митры. Это – довольно большой зал с семью нишами, вымощенный белой и черной мозаикой. Он располагается в дальнем конце коридора за пределами триклиниума. Ученые полагают, что это была так называемая школа, где вновь обращенные посвящались в таинства культа, прежде чем принять участие в церемониях.