Изучение истории карачаевской породы лошадей оставляет впечатление постоянной борьбы, которая начиналась в суровых горах Карачая и, вероятно, еще не закончилась на современных престижных выставках. Борьба в первую очередь с условиями внешними, как природными, так и рукотворными.
Нельзя точно сказать, когда впервые порода была упомянута в источниках. Автор полагает, что с конца XVIII столетия можно начинать историческое повествование о ней, открывая его с авторитетного свидетельства немецкого ученого Петра-Симона Палласа. Карачаевская лошадь того времени была невысокой, крепкой и в основном предназначалась для перевозки людей и вьюков в условиях высокогорья. Это и определило методы народной селекции на выработку определенных качеств породы. Как известно, конская порода не является застывшей моделью, которую можно выращивать в неизменном состоянии столетиями. Человек приспосабливал возможности лошадей к своим условиям и потребностям, благо имел дело с достаточно пластичным материалом.
Вступление Карачая в состав России (1828) поначалу не оказало заметного влияния на карачаевское коневодство. Однако по мере постепенного спуска коневодства с гор на плоскость менялись и условия хозяйствования. Появились пространства для обзаведения крупными, до 1000 голов, табунами. К лошади уже не предъявлялись такие жесткие требования, как раньше, но присущие карачаевской лошади биологические качества сохранялись. Наличие вьючного карачаевского транспорта позволило в 1877 году экспедиции генерала П. Д. Бабича преодолеть Главный Кавказский хребет в районе Марухского перевала, что считалось до этого невыполнимой задачей. Карачаевцы стали выращивать лошадей на продажу, массово поставлять в казачьи войска, сбывая ежегодно до 10 000 лошадей.
Гражданская война нанесла ущерб коневодству, особенно она задела владельцев крупных заводов. После установления Советской власти в стране оценили хозяйственное значение карачаевской лошади. В 1929 году в Карачаевской области был создан госплемхоз, через год преобразованный в Карачаевский военный конный завод. Основная задача завода заключалась в производстве «жеребцов-улучшателей», предназначавшихся для улучшения мелкорослых конских массивов Северного Кавказа и Закавказья, и производстве «ремонтной» кавалерийской лошади. В первом случае разведение велось чистопородное, во втором допускалась примесь чистокровной английской верховой. Таким образом, карачаевская лошадь начала видоизменяться к современному типу.