В 1935 году издана первая племенная книга горских лошадей – в ней различались как кабардинские, так и балкарские, и карачаевские лошади, но данные об их происхождении отсутствовали. По итогам Всесоюзной переписи скота на 1 января 1935 года, карачаевская порода лошадей на равных правах помещена среди других конских пород. Эта порода также упомянута в 31-м томе (1937) «Большой советской энциклопедии».
Карачаевские лошади участвовали в известном зимнем пробеге 1935/36 года вокруг Кавказского хребта, а на некоторых высокогорных участках осуществляли функцию «бульдозеров».
После проведенного в 1936 году детального обследования коневодства Карачая, в области был создан Карачаевский государственный племенной рассадник (1938). Продукция ГПР и Карачаевского ВКЗ стала поставляться далеко за пределы области. После участия во Всесоюзной сельскохозяйственной выставке госплемрассадник и его лошади стали известны на весь Советский Союз. Важным моментом стало придание карачаевской лошади самостоятельного породного статуса, о чем говорят довоенные источники того времени, приводимые в настоящей книге.
В 1941 году началась Великая Отечественная война, и наступление вермахта вынудило в 1942 году эвакуировать Карачаевский ВКЗ им. Сталина №168 в Грузию. Карачаевская область оказалась оккупированной немцами. После освобождения области в 1943 году, началась работа по восстановлению народного хозяйства, но осенью того же года в ходе сталинских репрессий карачаевский народ полностью депортировали в Среднюю Азию, где ему предстояло провести почти 14 лет. Были депортированы из Калмыкии и с Северного Кавказа вслед за карачаевцами калмыки, чеченцы, ингуши, балкарцы.
По причинам далеко не зоотехническим, карачаевскую породу лошадей формально причислили к кабардинской породе, которая разводилась в соседней Кабардино-Балкарии. Как часть кабардинской породы, карачаевская лошадь записывалась и в племенные книги. Для самих лошадей это причисление не имело серьезных последствий, поскольку племенная работа продолжалась, и в этом направлении завод №168 разрешил основную задачу – укрупнение разводимой лошади. Чистопородные и англо-карачаевские лошади нового типа поставлялись в другие хозяйства в больших количествах. Конезавод стал ведущим среди хозяйств, разводивших кабардинских лошадей.