Рогов Иван Васильевич, армейский комиссар 2-го ранга – заместитель наркома ВМФ и начальник Главного управления политической пропаганды ВМФ, член Центральной ревизионной комиссии,
Галлер Лев Михайлович, адмирал – заместитель наркома ВМФ,
Левченко Гордей Иванович, вице-адмирал – заместитель наркома ВМФ,
Жаворонков Семен Федорович, генерал-лейтенант авиации – начальник управления ВВС ВМФ.
Командование Наркомата ВМФ:
Народный комиссар ВМФ: Кузнецов Николай Герасимович, Адмирал флота – 22.06.1941– 03.09.1945.
Заместители наркома ВМФ:
Исаков И.С., Адмирал флота – 22.06.1941– 03.09.1945
Рогов И.В., генерал-полковник береговой службы – 22.06.1941– 03.09.1945
Галлер Лев Михайлович, адмирал – 22.06.1941– 03.09.1945;
Левченко Гордей Иванович, адмирал – 22.06–12.10.1941 и 09.04.1944—03.09.1945 (наркому оставалось соглашаться, хотя он обстоятельно возражал против назначения Гордея Ивановича командующим Крымским фронтом; это назначение инициировал адмирал Исаков в согласии с Л. П. Берия, и Генсек Сталин эту инициативу одобрил);
Игнатьев Сергей Парфенович, корпусный комиссар – 22.06.1941– 20.01.1942 (креатура Л. П. Берия);
Малышев Николай Васильевич, генерал-лейтенант береговой службы – 20.01.1942 – 19.04.1945 (креатура Л. П. Берия);
Абанькин Павел Сергеевич, вице-адмирал – 19.04.– 03.09.1945;
Воробьев Сергей Ильич, генерал-полковник береговой службы – 22.06.1941—03.09.1945.
Начальники Главного морского штаба:
Исаков И. С., адмирал – 22.06.1941– 03.07.1942;
Алафузов Владимир Антонович, адмирал – 03.07.1942 – 16.03.1943 и 22.07.1944 – 13.04.1945 (креатура Л. П. Берия);
Степанов Георгий Андреевич, вице-адмирал – 16.03.1943 – 21.07.1944 (креатура Л. П. Берия);
Кучеров Степан Григорьевич, адмирал – 27.04–03.09.1945.
Начальники оперативного управления:
Алафузов В. А., контр-адмирал – 22.06.1941– 17.03.1943;
Богденко Валентин Лукич, контр-адмирал – 17.03.1943– 05.08.1944;
Зозуля Федор Владимирович, контр-адмирал – 05.08. – 12.09.1944;
Кучеров С. Г., вице-адмирал – 12.09.1944 – 27.04.1945;
Харламов Николай Михайлович, вице-адмирал – 27.04– 3.09.1945.
Начальник организационно-мобилизационного управления:
Бабин Пантелеймон Иванович, генерал-майор береговой службы – 22.06.1941—03.09.1945.
Начальники разведывательного управления:
Зуйков Николай Иванович, контр-адмирал – 22.06. – 11.09.1941.