31 октября (ст. стиля) 1848 года по кончине Н. П. Римского-Корсакова директором Корпуса был назначен командир Гвардейского экипажа вице-адмирал Николай Глебович Казин.
8 апреля 1851 года Н. Г. Казин был назначен членом Адмиралтейств-совета, а его помощник, инспектор классов М. Ф. Горковенко, успешно прослуживший к этому времени в Корпусе 53 года, был назначен в Генерал-аудиторат. Директором Морского корпуса был назначен флигель-адъютант императора Богдан Александрович Глазенап, а инспектором классов – исполнявший до этого должность старшего помощника инспектора капитан 2-го ранга Александр Ильич Зеленой.
С 1851 г. в российском флоте звание «юнкер» стало присваиваться добровольцам преимущественно с высшим образованием и имеющим право на производство в обер-офицеры. Для этого при Корпусах стали создаваться Специальные юнкерские классы.
В целом же при императоре Николае I Морской корпус стал поистине Высшим учебным заведением, а его здание приняло свой современный вид (вклейка 3.1). На всю перестройку было затрачено 150 000 рублей, взятых «заимообразно» из Главного казначейства и в назначенные сроки возвращенных.
Морской корпус в эпоху императора Александра II
18 февраля 1855 г. на трон Российской державы взошел император Александр II (коронация прошла 26 августа 1856 г.).
27 марта 1855 г. новый император назначил директором Морского корпуса вице-адмирала Алексея Кузьмича Давыдова, который, изучив состояние дел в Корпусе, признал его не блестящим и начал свои преобразования. Однако на это у него не хватило ни сил, ни здоровья. Помощником у директора был инспектор классов (с 1838 г.) генерал-майор Арсений Михайлович Голенищев-Кутузов, который надзирал за преподаванием наук и производством экзаменов, а в случае отсутствия директора исполнял его обязанности (в 1856 г. стал основателем и начальником Штурманского училища в Кронштадте).
В 1855 году преобразования на флоте были поручены брату императора генералу-адмиралу великому князю Константину Николаевичу.
В 1856 г. двухгодичный Специальный класс юнкеров флота был организован при Морском кадетском корпусе.
В 1857 году директором Корпуса был назначен контр-адмирал Сергей Степанович Нахимов (брат известнейшего адмирала П. С. Нахимова), исполнявший свою должность до 1861 года.
В декабре 1861 года исправляющим должность директора Корпуса был назначен капитан 1 ранга Воин Андреевич Римский-Корсаков, в 1865 году произведенный в чин контр-адмирала и назначенный уже директором Корпуса.