Количественный состав Училища был уменьшен до 240 воспитанников с ежегодным приемом 60 человек. Были также определены правила содержания пансионеров, принимаемых за счет пожертвований.
Весь личный состав Училища был разделен на 4 роты из двух отделений (взводов). Воспитанники одного года обучения составляли класс (совр. – курс). Каждая рота размещалась отдельно. Произошло также изменение формы одежды: темно-зеленый цвет, мундир с шароварами, сапоги, башлык, стоячие воротнички на полукафтанах заменены на отложные, кивера заменены на лакированные круглые шляпы с большими полями, на шелковой ленте вокруг тульи шляпы была надпись: «Морское училище». Позже шляпы заменили на темно-зеленые фуражки, с коленкоровым белым чехлом, на ленте – инициалы «М. У.». При этом Уставом было предписано ухаживание за формой производить по возможности без прислуги.
Уставом Морского училища предусматривались обязательные ежегодные переводные экзамены (в мае месяце) и фиксированные расписанием (с 25 мая по 25 августа) летние практические плавания на кораблях учебного отряда под адмиральским флагом начальника училища. К этому периоду времени состав кораблей учебного отряда пополнился винтовыми корветами и клиперами, имевшими вспомогательное парусное вооружение.
В Морском училище впервые учредили мраморные доски для занесения на них имен лучших выпускников.
Программа обучения в Училище отличалась от прошлых лет только введением курса «Пароходная механика», но непрерывно менялась сообразно изменениям в морском деле. На обучение отводилось три полуторачасовых занятия в день (что сохраняется и в настоящее время). Вне класса производились астрономические наблюдения, черчение, артиллерийское учение, стрельба, фехтование, гимнастика, плавание и танцы. Рекомендовалось обучение портовым ремеслам.
Выпускники Училища сначала получали звание «гардемарин» и только после 2-летнего плавания производились в офицеры приказом по учебному заведению, что продолжалось до 1882 г.
Десять лет, с 1861 до 1871 г., сначала Корпусом, а затем Училищем командовал контр-адмирал В. А. Римский-Корсаков. После его кончины в Италии начальником Училища 8 ноября 1871 г. был назначен капитан 1-го ранга Алексей Павлович Епанчин. Представитель известной морской фамилии, он всю свою службу провел в Морском училище, вначале как преподаватель математики и морских наук, затем долгое время был инспектором классов. Воспитанники Училища его любили и дали прозвище «папаша». При А. П. Епанчине начался отход от преобразований 1860-х гг.