В 1861 году под патронажем великого князя Константина Николаевича были установлены новые правила приема в Морской корпус. В Корпус принимались юноши с хорошим здоровьем от 14 до 17 лет; кроме дворян, право на поступление имели также дети «почетных граждан», заслуженных армейских и флотских офицеров, гражданских чиновников. Телесные наказания были отменены, основной упор сделали на стремление выработать дисциплину, основанную на сознательном отношении к делу.
7 августа 1862 года на базе Офицерского класса (1827) Корпуса был создан Академический курс морских наук для продолжения переподготовки офицеров флота. Курс имел двухлетний цикл переподготовки и три отделения: Гидрографическое, Кораблестроительное и Механическое. Для поступления на Курс требовалась предварительная служба в офицерском чине не менее двух лет. Вакансии распределялись между флотскими офицерами и офицерами корпусов Морского ведомства.
В сентябре 1862 г. Специальные юнкерские классы при Морском кадетском корпусе были упразднены. Обучаемым юнкерам было предложено жить по домам, а в Корпус приходить только для посещения лекций. Летом юнкера участвовали в плаваниях под руководством назначенных офицеров, а в гардемаринах им еще предстояло побывать и в заграничных плаваниях. Экзамены для всех юнкеров, посещавших классы и не посещавших, для перевода в звание гардемарин, а затем мичман проводились в Морском кадетском корпусе, поэтому данные юнкера считались его выпускниками.
В 1864 г. был расширен сословный ценз для поступающих. Начали проводиться приемные испытания: Закон Божий, русский, география, описание России, черчение карт, история, математика (арифметика, алгебра до непрерывных дробей и логарифмов, геометрия), физика, зоология, ботаника, французский и немецкий – перевод. Также была введена оценка успеваемости по 12-бальной системе. Изъявившие желание поступать в Корпус допускались к пробному 2-месячному плаванию на судах Морского корпуса в мае—июне, то есть до экзаменов.