10 октября 1918 г. состоялось торжественное открытие Курсов подготовки командного состава флота. Учебу начали 338 (по штату 300) слушателей. В ноябре, в связи с наплывом, штат увеличили до 400, прибыло 518 – поступило 448. Из них 201 человек получали подготовку по специальностям, а 247 учились в общеобразовательных группах.
На 1 января 1919 года на Курсах осталось 326 слушателей.
Обучение шло на шести отделениях. Три из них: артиллерийское (В. А. Унковский), штурманское (П. Н. Вагнер) и минное (Р. Н. Фролов) – составляли Строевой отдел, а отделения: механическое, электротехническое и радиотелеграфное – составили Инженерный отдел.
Слушателям было разрешено жить на частных квартирах при их желании.
Значительное развитие получил подготовительный курс, возглавляемый начальником учебного отдела М. В. Никитиным (бывший преподаватель Морского корпуса, полковник по Адмиралтейству). Заведующим учебными пособиями на время стал преподаватель навигации Б. П. Хлюстин. Среди преподавателей Курсов также был А. В. Акимов, в будущем видный советский специалист в области создания паровых турбин.
Учебно-педагогической работой Курсов управлял Педагогический совет.
В соответствии с Положением о Курсах, органами их самоуправления являлись Курсовой совет и Общее собрание. В Курсовой совет входили начальник Курсов, 2 выборных члена от Педагогического совета и 2 – от учащихся, 1 человек избирался от всех служащих Курсов. Во главе Курсов стоял комиссар, назначаемый Главным комиссаром всех военно-учебных заведений. Он являлся руководителем политической и административной жизни курсов. Первым комиссаром Курсов стал А. А. Костин.
Однако, не произведя ни единого выпуска, Курсы командного состава флота были преобразованы в Училище командного состава.
Училище командного состава (1919—1922)
Председатель Реввоенсовета Л. Д. Троцкий на основании выводов комиссии под председательством начальника Морскими силами Республики (Начморси) Василия Михайловича Альтфатера (выпускник Морского корпуса 1902 г., умер от сердечного приступа 20.04.1919) приказал 16 марта 1919 г. ускоренные краткосрочные Курсы командного состава флота реорганизовать. Впервые в истории России двери высшего военно-морского учебного заведения открылись для матросов, выходцев из рабочих и крестьян. Однако было указано, что для слушателей Курсов необходимо устроить испытания и неспособных отчислить.