30 июня 1919 года, после возвращения слушателей с фронта, Курсы командного состава флота по приказу Начморси Евгения Андреевича Беренса (выпускник Морского училища 1895 г.) были реорганизованы в Училище командного состава на 320 слушателей, учебная программа которого должна была теперь составлять 3 года. Курсанты стали считаться слушателями Училища с июня 1919 года.
Однако занятия были возобновлены только 1 декабря 1919 г. Первым начальником училища стал Борис Борисович Жерве (выпускник Морского училища 1898 г.), но в апреле 1920 г. он был уже назначен начальником Морской академии.
30 марта 1920 года в должность начальника Училища вступил бывший контр-адмирал, начальник Кронштадтской базы Н. И. Патон (выпускник Морского училища 1889 г.).
8 июля 1920 года было утверждено «Положение о Училище командного состава». Согласно Положению, Училище должно было готовить военно-морских и технических специалистов, возраст поступающих из числа гражданской молодежи был установлен в 18 лет, а из числа военных моряков – до 26 лет.
В Училище были сформированы те же отделы, что и на Курсах подготовки командного состава флота. Военно-морской отдел включал в себя три отделения: штурманское, артиллерийское и минное, Технический отдел – механическое, электромеханическое и отделение радиотелеграфистов. Выпускник училища в должности младшего специалиста должен был уметь исполнять обязанности вахтенного начальника на ходу или стоять вахту каждый по своей специальности под наблюдением старшего специалиста.
Слушатели обучались в 32 учебных группах, которые были разбиты по годам обучения, названных курсами. Курсы составляли роты: подготовительный первый курс – 3-я рота, выпускная – 1-я рота.
В 1920 г. на первый курс было зачислено 244 человека, на двух специальных и подготовительном курсах обучалось 604 человека.
В 1921 г. на первый курс принят был 241 человек, а на специальных курсах обучались 374 человека.
В 1921 г. был произведен первый выпуск младших специалистов по шести специальностям.
С апреля по август 1922 года Училище возглавлял Вениамин-Петрович Римский-Корсаков (выпускник Морского корпуса 1910 г., последний представитель старейшей морской династии офицеров флота России, «благодарно» расстрелянный советской властью в 1937 году…). В его бытность было утверждено Положение о приеме в Училище, Перечень обязательных навыков и знаний его выпускников. При нем провели первый советский выпуск красных командиров флота.