После четвертого курса в течение двух месяцев уже проводилась только специальная практика на кораблях и в подразделениях, соответствующих профилю факультетов.
После первого полугодия на пятом курсе проводилась стажировка курсантов на флотах на отдельных офицерских должностях в течение 2—3 месяцев. После стажировки в течение двух месяцев осуществлялось дипломное проектирование, по окончании которого были защиты дипломных проектов перед комиссиями, возглавляемыми известными офицерами с флотов либо из научно-исследовательских военно-морских институтов.
Торжественный выпуск на флот лейтенантов традиционно при хорошей погоде проводился на улице около Училища, а при дожде – в Зале Революции (бывшем Столовом зале).
В процессе обучения в этот период в Училище неизбежно происходило отчисление курсантов по неуспеваемости на 1—3 курсах, а по дисциплине – на всех курсах. Тем не менее до выпуска доходило от 85 до 98% принятых.
Накануне распада СССР, в июне 1991 г. состоялся 68-й (за советское время) выпуск лейтенантов флота. Фамилии окончивших училище с Золотой медалью заносились (и заносятся в настоящее время) золотыми буквами на белые мраморные доски, установленные в Картинной галерее.
В 1991—1998 гг. в условиях экономического и политического кризиса в стране ситуация в Училище резко ухудшилась. Снизилось качество набора курсантов, так как крайне снизилось количество желающих поступать в него. Материально-техническое обеспечение учебного процесса, а также быта курсантов и денежного содержания офицеров было крайне низкое (автору с 1985 по 1999 годы довелось служить в Училище в этих условиях, пройдя путь от адъюнкта до начальника кафедры Навигационно-гидрографического и гидрометеорологического обеспечения). В результате сложившейся негативной ситуации резко возросло количество отчисляемых курсантов по неуспеваемости и дисциплине, а также «по собственному желанию», начиная с 4 курса. Дело доходило до того, что в отдельных классах факультетов выпускалось чуть ли не 20% от числа поступивших. Правда, необходимо отметить, что и число вакансий на флоте резко сократилось из-за начавшегося массового сокращения Вооруженных сил.