Учение в классе 6 час.
Повторение уроков 3 час.
Обед и ужин 2,5 час.
Вечерняя молитва и умывание 0,5 час.
Таким образом, непосредственно занятия занимали 9 часов. Без различия на праздники и будни, ученики вставали в 5,5 час. утра. В отличие от современной методики подготовки, после завтрака до 8 часов проводились самостоятельные занятия69. Заметное отличие самостоятельной подготовки от современной было и в том, что ученики готовили домашнее задание непосредственно перед уроком, что позволяло преподавателю сразу продолжать предыдущую тему.
Большое место в обучении занимала практика на кораблях флотилии70. Во время нее, ввиду некомплекта офицеров на транспортах, кондукторы несли самостоятельную ходовую вахту, одновременно исполняя обязанности по штурманской части. Ученики осваивали практические азы штурманской службы: бросали лаг, отмечали курсы, брали пеленги, вели журнал, вели счисление, сами бросали лот, если глубины не превышали 10 сажен.
Поведение воспитанников училища в целом оценивалось как хорошее и отличное, средняя успеваемость же была невысокой – 7 по 12-балльной шкале (успеваемость кантонистов – на балл ниже).
Преподавательский и административный состав училища включал в себя опытных местных офицеров71. Но учебная база была недостаточной: в 1855 г. приобретен секстан Троутона и в библиотеку училища поступили подаренные капитаном 2 ранга К. Н. Посьетом 15 учебных книг. Руководством в управлении хозяйством служили табели и штаты 1-го штурманского полуэкипажа72 (Н. Н. Назимов неоднократно обращал внимание командования на неприменимость к условиям Дальнего Востока этой табели полуэкипажа, расположенного в Кронштадте, и на необходимость отдельного положения о своем училище73, однако до конца существования последнего сие так и не было сделано).
Поступающие в Морское училище должны были удовлетворять следующим условиям: быть не моложе 9 и не старше 12 лет, быть совершенно здоровыми, не иметь никаких телесных недостатков, расположения к золотушной и другим болезням, иметь свидетельство о прививке оспы и метрическое свидетельство о крещении. Каждый поступающий обязан был читать по-русски бегло и правильно, хорошо писать под диктовку.