Позже положение стало понемногу выправляться. Директором училища был назначен полковник В. М. Бабкин, гидрограф-исследователь и один из самых образованных и подготовленных штурманов флотилии, однако Макаров приводит о нем не самый лестный отзыв… Нравы в училище бытовали суровые, старшие безраздельно властвовали над младшими, те находились у них в полном личном услужении. Макаров в своем дневнике с осуждением пишет о поведении старших кадетов: «Мы жили довольно дружно, только старшие обращались с нами гадко: они наказывали нас [оставляя] без обеда за всякую малость».
Несмотря на значительные упущения в организации теоретического обучения, ученики получали отличную практику на Сибирской флотилии. С началом навигации старшие ученики расписывались на корабли флотилии, на транспорты «Японец» и «Манджур» и проходили практику до августа, 6 младших кадетов оставались в училище. «Практические занятия состояли в следующем: править рулем, бросать лаг, брать пеленг и углы, вести шканочный журнал, прокладывать на карте, делать астрономические наблюдения, вычислять широту, долготу и склонения компаса; также производить: топографическую съемку, морскую опись и промер, снимать виды берегов и составлять исторические журналы»75.
До начала занятий своего выпускного курса С. О. Макаров занимался с кадетами младшего курса. С началом занятий на последнем курсе, он стал изучать астрономию, историю, географию, повторять математику и физику. В 1865 г. в штурманском училище были проведены выпускные экзамены. Офицеры-экзаменаторы обращали большое внимание на практическое знание штурманского дела. Макаров экзамены сдал очень хорошо, со средним баллом 11 (по 12-балльной системе). Но выпускники должны были еще два года отплавать на кораблях и только после этого (со сдачей дополнительных экзаменов по теории и практике) получали чин кондуктора флотских штурманов, а после стажировки и сдачи экзаменов за нее – становились прапорщиками.
По сравнению с училищами Европейской России, производство в чин выпускников Морского училища Приморской области Восточной Сибири в 1855—1871 гг. имело свои особенности. До 1860 г. положения о нем не существовало, и руководство придерживалось программ и правил для штурманского училища в Кронштадте. Однако затем вышло новое положение о кондукторском звании