Стремясь оправдать своё предательство, современники Шуйских стали обвинять их в корыстолюбии и других тяжких преступлениях. Особенно усилился поток клеветы после утверждения в России новой династии Романовых, представители которой желали выглядеть на фоне угасшей династии Рюриковичей, настоящими спасителями отечества.
Заступиться за Шуйских было не кому, ведь княжеский род угас. Искажённые данные о представителях этого рода, и особенно о правлении царя Василия Шуйского, попали в учебники. Шуйских стали считать главными представителями боярской реакции, противниками царской власти.
Все это не соответствует истине, хотя никто не собирается идеализировать князей Шуйских. Принадлежа к высшей знати, потомки Суздальско-Нижегородских князей, обладали всеми пороками боярской среды, так как сами формировали идеологию боярства. В тоже время они являлись надёжной опорой центральной государственной власти, способствуя укреплению Русского государства.
Род Суздальско-Нижегородских князей, несмотря на то, что к середине XVII века уже угас, попал в «Государев родословец», в котором были указаны все ветви этой фамилии.
После многие известные генеалоги, в своих работах, показывали росписи всех ветвей рода князей Шуйских. Это князь Пётр Владимирович Долгоруков (1816 – 1868), князь Алексей Борисович Лобанов-Ростовский (1824 – 1896), Пётр Николаевич Петров (1827 – 1891).
В «Родословной книге князей и дворян российских и выезжих», более известной под названием «Бархатной книги», родоначальником Суздальско-Нижегородских князей показан князь Андрей Ярославич Суздальский.
В «Российской родословной книге» князя П.В. Долгорукова, родоначальником рода Суздальско-Нижегородских князей указан князь Андрей Александрович, сын князя Александра Невского. Такого же мнения придерживался известный русский историк Сергей Михайлович Соловьёв (1820 – 1879), автор многотомной «Истории России с древнейших времён».
Свою версию происхождения Суздальских князей Пётр Владимирович Долгоруков, знакомый с некоторыми родословными книгами, в которых родоначальником считается младший брат Александра Невского – Андрей, аргументирован тем, что в грамоте избрания на царство Василия Шуйского сказано, что царь происходит от Святого князя Александра Невского. «Кому же лучше знать своё происхождение как не князьям Шуйским»: – писал Пётр Долгоруков.