Разрядный приказ был упразднен в 1711 г. Видимо тогда, а не в 1682 г. и сожжены все его архивы.
Уничтожены все дела Приказа Большого Дворца – это дела государева двора, дворцовых волостей, а с 1619 г. и Патриархии, непосредственно касавшиеся управления страной до 1676 г. (С. Веселовский. Т 1.)
Полностью был уничтожен и архив Костромской чети, а ведь ее документы касались престолонаследия, избрания Михаила Романова на престол и дел ополчения 1611—13 г. (но и те документы, что сохранились в архивах других ведомств являются одними из важнейших для изучения Смуты). (Г. В. Вернадский. Россия в средние века.)
Из дел Казачьего приказа (с 1613 г. ведал делами с казаками) и Челобитного приказа (с 1615 г. ведал земельными пожалованиями) – «сохранилось лишь несколько столбцов», остальные уничтожены. (А. Л. Станиславский)
Утрачены посольские книги об отношениях с другими государствами, столбцы соответствующих книг тоже не сохранились.
Утрачены книги о взаимоотношениях с Астраханским ханством. В Описи архива зафиксированы книги 1508—17 г., 1521—34 г. В посольской книге по связям с Ногайской Ордой 1548—49 г. имеется запись о приезде от астраханского царя посла Халкомана «лета 7058», отмечено, что приезд «писан в астароханских книгах». Следовательно, они исчезли позднее.
Утрачены «книги тюменские» по сношениям с Тюменским ханством, которое находилось на реке Терек. Известно, что летом 1551 г. прибыл тюменский князь Бибарс Растов, в декабре 1556 г. приезжали тюменские послы и вслед послы 1559 г. и 1560 г.
Не сохранился комплекс посольских книг по связям с Казанским царством. В ногайской посольской книге под 1501 г. есть упоминание о «казанских тетратех». Существовали «5 тетратей» о связях с казанским царем Шиг-Алеем (1552—64 г.) и дипломатических отношениях царей Федора Ивановича и Михаила Федоровича с касимовским царем Арсланом Али (1585—1614 г.). За десять лет 1558—67 г., русские послы шесть раз отправлялись к кабардинскому князю Темрюку Айдаровичу, однако о посольских книгах сохранилось только упоминание.
Утрачены «сибирские книги» 1555—63 г.
Отдельный комплекс представляли «книги цысаревых послов и францовского магистра вулфьянковых послов отписки», существовали книги «шамохейские» с материалами посольств из Шемахи.
Лишь семь книг 1669—1742 г. характеризует связи с Бухарским ханством. Утрачены документы 1549—1644 г.