Правда часть документов могла быть уничтожена и после 1613 г. – ведь отсутствие актов Собора 1636—37 г. могло произойти лишь после самого Собора.
Царь Алексей Михайлович (1645—76 г.) оставил огромное литературное наследство – обширные письма и послания, начал писать записки о польской войне, составил наставление о соколиной охоте. Он известен тем, что первым из царей стал лично подписывать важнейшие государственные акты. Хотя без личной подписи царя многие документы, пожалования или назначения не имели законной силы. То есть ни один подлинный акт, подписанный прежними царями до 1645 г. не сохранился.
Несмотря на то, что от эпохи Алексея Михайловича, как считается, дошло много документов В. Н. Татищев в 1748 г. (т.е. через 70 лет) писал: «А оного государя дела и по нем многие нужнейшие, а особливо военные, остались в забвении, и не знаю, где сыскать можно ли, хотя не без таких людей было, что его дела описывали, но погибли. Оной причина – учрежденная им Тайная канцелярия, которой опасаясь, писать не смели или написанное истребили, и в архиве Разряда и других приказах едва с великим трудом найти, что можно». (В. Н. Татищев. Т 1.) Считается, что поскольку при Алексее Михайловиче была не Тайная канцелярия, а приказ Тайных дел – личная канцелярия царя, то описанное уничтожение документов относится к деятельности Тайной канцелярии в 1742—48 г.
В 1555—56 г. составлен «Государев родословец» – родословные книги, генеалогические записи о происхождении, родственных связях и службе предков княжеских и боярских фамилий. Велись с 40-х г. 16 века, но в 1682 г. уничтожены. В 1687 г. в Палате родословных дел создана Бархатная книга. С 16 века боярские списки, именные перечни по чинам членов Государева двора с пометами об их служебных назначениях, пожалованиях, местонахождении и пригодности к службе, составлялись в Разрядном приказе, сводились в боярские книги. Боярские книги, своды именных перечней по чинам членов Государева двора с указанием их поместных и денежных окладов составлялись в Разрядном приказе. Боярские книги упоминаются с начала 17 века, (записи до 17 века уничтожены).
Полагают, что в 1682 г. были сожжены Разрядные книги – «Государевы разряды», своды записей (разрядов), назначений на военные, гражданские должности и придворную службу в 16 – начале 18 веков. Они велись Разрядным приказом, который ведал служилыми людьми, военным управлением, а также «украинными» районами государства, жалованьем дворян. Через него осуществлялось руководство военными действиями, распределение служилых людей по полкам, назначение полковых и городовых воевод и т. д.