Столкнувшись с масштабной заброской вражеской агентуры через линию фронта, особые отделы НКВД в первые месяцы войны сделали упор на режимно-заградительные меры. Они осуществлялись, как правило, с участием войск НКВД по охране тыла действующей армии. С июля 1941 г. заградительные отряды начали также укомплектовываться военнослужащими рот и батальонов особых отделов армий и фронтов. В задачи этих отрядов входили задержание дезертиров, агентов спецслужб противника, всех подозрительных лиц, проникающих на линию фронта, и проведение предварительного расследования с последующей передачей материалов вместе с задержанными по подсудности[1].
К организации заградительной службы были привлечены и силы воинских гарнизонов в прифронтовой полосе. Они организовывали засады, посты, заслоны на перекрестках, путях движения беженцев, подходах к крупным населенным пунктам. Кроме того, по поручению контрразведчиков для поддержания порядка и проверки документов стали высылаться воинские патрули на железнодорожные станции, практиковалась сплошная одновременная проверка документов у пассажиров в поездах. К 20 июля 1941 г. заградотряды и оперативные заслоны уже существовали на всех фронтах.
В директиве Управления особых отделов НКВД СССР от 28 июля 1941 г.[2] об усилении работы заградительных отрядов подчеркивалась важность их использования в интересах контрразведки и приводились конкретные примеры задержания немецких агентов, экипированных в форму красноармейцев и имевших задания шпионского либо пропагандистского характера. Примечательно, что в документе ставилась задача сбора сведений о сотрудниках вражеских разведорганов, обстоятельствах вербовки, способах переброски разоблаченных агентов противника и т. п. Полученные в процессе следствия материалы предписывалось использовать в оперативной работе и, кроме того, направлять в Управление особых отделов НКВД СССР.
Изложенные в директиве требования по выявлению вражеской агентуры сопровождались и некоторыми спорными положениями. Так, директива предписывала «всех лиц, возвратившихся из германского плена, как задержанных заградительными отрядами, так и выявленных агентурным и другим путем, арестовывать и тщательно допрашивать об обстоятельствах пленения и побега или освобождения из плена. Если следствием не будут добыты данные о причастности их к органам германской разведки, таких лиц из-под стражи освобождать и направлять на фронт в другие части, установив за ними постоянное наблюдение как со стороны органов особого отдела, так и со стороны комиссара части».