В 1853 году один из его прихожан, крупный предприниматель Уэйман Кроу, предложил создать семинарию Элиота. В качестве соучредителей он пригласил У. Г. Элиота и еще 15 прихожан. В 1854-м по инициативе У. Г. Элиота она была переименована в институт Вашингтона в честь первого президента США. В 1857-м институт был преобразован в университет Вашингтона. «Доктор Элиот» стал председателем попечительского совета университета. В те же годы им была основана при университете школа для мальчиков (она называлась Smith Academy), а чуть позже, в 1859-м – школа для девочек (Mary Institute), названная им в память любимой дочери Мэри, которая умерла подростком. Mary Institute процветает и поныне.
В полной мере организационный талант доктора Элиота проявил себя во время Гражданской войны 1861–1865 годов. Законодательное собрание штата Миссури пыталось вести умеренную линию в начинающемся конфликте – оно выступало против независимой Конфедерации, но пыталось сохранить суверенитет штата, препятствуя свободному проходу федеральных войск и настаивая на переговорах между враждующими сторонами. Положение осложнялось тем, что губернатор штата Джексон был сецессионистом – сторонником Юга.
В этом противостоянии доктор Элиот принял сторону федерального правительства. Он не принимал участия в боевых действиях, но его авторитет помог сорганизоваться сторонникам Линкольна, а после того, как губернатор Джексон и собранное им ополчение отступили к южной границе штата, Миссури оказался надежно вовлечен в орбиту Севера. В августе 1861-го У. Г. Элиот выступил главным организатором «Западной санитарной комиссии». Эта комиссия, пишет Т. С. Мэтьюз, «не имевшая никакого отношения к уборке улиц и самое прямое к военным госпиталям, стала началом его второй карьеры. К 1 мая 1862 года в Сент-Луисе и его окрестностях действовало 15 военных госпиталей, в которых лечилось 6000 пациентов; после того как был взят Мемфис <…> еще три госпиталя открылись в Теннесси и Арканзасе»[9].
После войны У. Г. Элиот долгое время продолжал оставаться настоятелем церкви Мессии. При этом общественная активность его только усиливалась – он выступал за сухой закон, за запрет проституции, за избирательное право для женщин, читал лекции, писал книги…В 1870 году он принял предложение стать канцлером университета Вашингтона и сложил наконец с себя обязанности настоятеля. В этой должности он оставался до самой смерти.