Современные исследования также используют текстологический анализ для сравнения «Евангелия от Фомы» с каноническими евангелиями. Например, многие изречения в «Евангелии от Фомы» имеют параллели в синоптических евангелиях (Матфея, Марка, Луки), но поданы в более лаконичной и эзотерической форме. Учёные, такие как Стивен Паттерсон, указывают, что это может свидетельствовать о доступе автора к устной традиции, которая предшествовала каноническим текстам. Паттерсон также предполагает, что текст мог использоваться в раннехристианских общинах в качестве сборника изречений для медитации и духовных упражнений, а не как руководство по историческим событиям жизни Иисуса.
Исследования в области герменевтики и философии религии также уделяют внимание «Евангелию от Фомы» как источнику мистического опыта. В текстах таких авторов, как Джеймс Робинсон, подчёркивается, что текст может рассматриваться как руководство для внутреннего просветления, где каждое изречение – это своего рода коан, предназначенный для того, чтобы вызвать у читателя «озарение» или «пробуждение». Это делает «Евангелие от Фомы» актуальным не только в историческом контексте, но и в современном мистическом и духовном движении.
В целом, академическое восприятие «Евангелия от Фомы» продолжает развиваться. Учёные признают его ценность как исторического и богословского документа, который позволяет лучше понять ранние христианские традиции, которые не вошли в ортодоксальный канон. Несмотря на разногласия по поводу его происхождения, датировки и интерпретации, «Евангелие от Фомы» остаётся важным текстом, который стимулирует дальнейшие исследования и открывает новые перспективы для понимания духовного наследия христианства.