Кроме того, «Евангелие от Иуды» поднимало вопросы о природе Иисуса и его миссии. В то время как ортодоксальная церковь утверждала, что Иисус страдал и умер за грехи человечества, гностический текст представлял его как духовное существо, которое использовало свою смерть для освобождения от телесной оболочки. Это противоречие затронуло такие фундаментальные темы, как телесность и духовность, роль страданий в спасении и значение жертвы. Ортодоксальные лидеры подчёркивали необходимость телесного воскресения Христа, тогда как гностики видели в этом символический акт, связанный с просветлением и освобождением духа.
Влияние «Евангелия от Иуды» проявилось и в более широком контексте развития христианской теологии. Например, идея о необходимости знания (гнозиса) для спасения стала одной из причин, по которым церковь акцентировала внимание на вере как основном инструменте спасения. Гностическая интерпретация фигуры Иуды как избранного ученика также могла способствовать тому, что церковь начала более чётко формулировать своё учение о роли апостолов и значении апостольского преемства. Это привело к укреплению института церкви как единственного посредника между Богом и верующими.
Таким образом, «Евангелие от Иуды» оказало важное влияние на раннее христианство, стимулируя полемику о природе Иисуса, роли Иуды и путях к спасению. Хотя текст был отвергнут ортодоксальной церковью и долгое время считался утерянным, его открытие в XX веке вновь привлекло внимание к разнообразию раннехристианских традиций и показало, насколько сложным и многогранным был процесс формирования христианского канона и догматов.