Позднее один из участников побега, Ганс Копп, отмечал, что побег и путешествие по Тибету Харрера с Ауфшнайтером удались исключительно благодаря знанию последним тибетского языка. Все годы пребывания в лагере Петер целенаправленно учил как язык, так и обычаи, культуру и историю Тибета, а также разрабатывал несколько маршрутов побега.
15 января 1946 года, после долгих странствий Ауфшнайтер и Харрер едва живые добрались до Лхасы. Помимо тягот тяжелейшего пути, им приходилось уживаться друг с другом – сказывалась большая разница в характерах. Первые несколько месяцев в столице Тибета прошли в напряженном ожидании депортации в Индию, чего требовали британские власти. Однако благодаря, в том числе, стараниям британского и непальского представителей в Лхасе Хью Ричардсона и Кайшера Бахадура (который впоследствии стал другом Ауфшнайтера) вопрос о высылке сначала был отложен, а впоследствии никогда более не поднимался.
В течение следующих нескольких лет Ауфшнайтер работал на тибетское правительство. Он занимался вопросами сельского хозяйства, в частности, улучшением семенного фонда, под его руководством был сооружен первый ирригационный канал на Тибетском нагорье. Кроме того, Ауфшнайтер, по всей видимости, стал первым исследователем, занявшимся археологическими раскопками в Тибете. Также при его участии разработали план по увеличению мощности электростанции в Лхасе. Петер писал своему другу Эрнсту Райшу в Кицбюэль: «С 23 декабря 1947 года – вот уже несколько месяцев – я работаю в Лхасе – создаю план города. Нахожусь официально на службе у тибетского правительства, был назначен декретом регента».
Таким образом, Ауфшнайтер стал тибетским госслужащим. Ему очень нравились тибетцы, и они также полюбили этого молчаливого тирольца. Круг общения Петера был весьма широк. У него сложились прекрасные отношения как с должностными лицами в правительстве, так и с членами семьи Далай-ламы.
Когда в начале 1950 года китайцы вторглись в Тибет, в западной прессе появилось множество спекуляций на тему пребывания в стране двух австрийцев. Утверждалось, что они отвечают за возведение укреплений и фортификационных сооружений, помогая тибетцам противостоять захватчикам. Об этом в номере от 19 августа 1950 года писала газета Wiener Wochenausgabe, а также London Daily Herald. Отмечалось, что один из австрийцев даже командует тибетской армией