В середине I тысячелетии до н.э. на территории современной Баварии проживали племена кельтов. К рубежу новой эры её северную часть до Дуная заселили пришедшие с севера германцы. В то же время земли к югу от Дуная в 15 году до н. э. были завоёваны Римской империей. В конце I века н. э. они вошли в состав римской провинции Реция («Raetia») со столицей в городе Аугуста Винделикум («Augusta Vindelicum», ныне – Аугсбург). В римский период здесь была построена сеть укреплённых военных поселений и дорог, а местное кельтское население подверглось романизации. В V веке территории к югу от Дуная заняли германские племена герулов, ругов и скиров, смешавшиеся с проживавшими здесь кельтами. После крушения Римской империи в 476 году эти земли попали под власть Остготского королевства. В V – начале VI-го века из Богемии сюда пришло племя баваров, которое, расселяясь в южном и юго-восточном направлении, подчинило себе огромную территорию, включая земли современной Австрии.
Статуя Баварии перед Залом славы в Мюнхене1
В конце V века бавары признали власть франков и вошли в состав королевства Меровингов. С VI до конца VIII века Баварией правила баварская герцогская династия Агилольфингов, находившаяся с Меровингами в родственных связях. Столицей их герцогства был город Регенсбург. Со временем Агилольфинги при ослабших Меровингах стали практически независимыми от франков. В первой половине VIII века произошёл ряд военных столкновений между Агилольфингами и набравшими силу майордомами королевства (управляющих делами) Каролингов. После того, как в 751 году Каролинги захватили власть, Агилольфинги, не считаясь с ними, продолжили заниматься самостоятельной политикой, в результате чего в 788 году были отстранены от власти Карлом Великим, а их герцогство было присоединено к Франкскому королевству. В его составе оно было разделено на ряд округов под управлением назначаемых графов.
Ещё при Карле Великом Бавария стала выделяться в качестве особого удельного королевства во главе с сыновьями правящего монарха, и эта практика продолжилась на протяжении IX века. После раздела империи Карла Великого между его внуками в 843 году по Верденскому договору Бавария оказалась в составе Восточно-Франкского королевства. В конце IX века при короле Арнульфе Каринтийском она охватывала огромную территорию; помимо собственно Баварии в неё входили Каринтия, Крайна, Истрия, Фриуле, Паннония, Богемия и Моравия. Во второй половине IX – начале X века на территорию Баварии неоднократно совершали опустошительные набеги венгры, а после «Битвы при Прессбурге» в 907 году значительная часть баварских земель на юго-востоке была завоёвана венграми. К началу X века в Баварии усилилась местная родовая знать, а после смерти в 911 году последнего из рода Каролингов Людовика IV Дитя, баварцы избрали герцогом маркграфа Арнульфа II Злого из рода Луитпольдингов. После прихода к власти в Германии Саксонской династии Арнульф вынужден был признать себя вассалом короля Генриха Птицелова в обмен на сохранение довольно большой самостоятельности и право распоряжаться церковью в Баварии. В середине X века король Оттон I Великий отстранил Луитпольдингов от наследования и передал Баварию своему младшему брату Генриху, что привело у затяжному и разорительному конфликту с наследниками Луитпольдингов. В этот период в 955 году произошла знаменитая «Битва на Лехе» у Аугсбурга, в которой германские войска разгромили венгерские орды, навсегда обезопасив Германию от их набегов.