Однако протестантская традиция значительно меньше склонна к строгим философско-схоластическим формулировкам и метафизическим построениям. Большее внимание уделяется душевной жизни как отношению человека к Богу и состоянию веры внутри души, ее внутренним духовным движениям, чувствам и переживаниям. В связи с этим в протестантизме сильнее, чем в католицизме, подчеркивается эмоционально-нравственный аспект души, ее индивидуальное и личностное отношение к Священному Писанию, непосредственный доступ души к откровению и строгая ориентированность человека на его Священное Писание и личный духовный опыт.
Протестантская доктрина отрицает католическое представление о чистилище и особенно важна в ней судьба души после смерти, связанная только с верой и не зависящая от человеческих добрых дел, что проявляется в учении о том, что только Божья милость спасает душу, а не человеческая добродетель или усилия. Для реформаторов душа уже спасена или осуждена верой при жизни; после смерти душа либо сразу пребывает рядом с Богом в блаженстве, либо отделена от Бога навсегда, без всякого промежуточного состояния очищения.
В протестантских общинах сильнее акцентируется простота и доступность душевной жизни, что выражается в отказе от католической практики посредничества святых или церковных таинств в спасении души. Душа способна самостоятельно предстоять перед Богом в молитве, слушании слова и проповеди, покаянии и внутренних изменениях. Таким образом, протестантизм склонен придавать душе статус духовного центра субъективности, который не требует строгого церковного посредничества, а раскрывается исключительно в непосредственном общении с Богом и восприятии Священного Писания.
Важно отметить, что протестантская традиция различается между направлением лютеранским, кальвинистским и позднейшими течениями (например, евангелическим, харизматическим). Некоторые протестантские течения, особенно современные, интерпретируют душу еще более эмоционально и экзистенциально, наделяя её способностью к экстатическим переживаниям, личной харизме и прямому духовному опыту Бога без особой доктринальной сложности или формальной богословской рефлексии.
Таким образом, хотя католичество и протестантизм исходят из общих предпосылок о вечности, душевной природе и созданности души Богом, их учения радикально различны по степени теологического систематизма, акценту на роли церковной традиции, сакраментальной деятельности, значению добрых дел и личного опыта веры. католический подход более философичен и формален, протестантский – личностен и экзистенциален.