Тяжелые испытания выпали и на долю высшего образования. Но несмотря ни на что Юго-Осетинский государственный педагогический институт и учреждения среднего профессионального образования не прекращали учебный процесс. С 1988 по 1992 г. институтом руководил доктор исторических наук, профессор Л.А.Чибиров. В октябре 1993 года по его инициативе институт был преобразован в университет. С 1993 по 2002 год педагогическим институтом руководил кандидат педагогических наук Г.А.Джиоев, благодаря которому вуз сохранил свое предназначение. Г.А.Джиоев добился строительства учебно-административного корпуса, открытия новых факультетов. При нем библиотечный фонд вуза был значительно пополнен учебной и научной литературой. Несмотря на сложное время в единственном университете качество преподавания оставалось на достойном уровне, университет пользовался большой популярностью среди абитуриентов.
В 2003 году на должность ректора Юго-Осетинского государственного университета был избран кандидат биологических наук Т. И. Кокоев, который возглавлял его до 2013 года. Т. И. Кокоев внес серьезный вклад в развитие университета. Он возобновил в университете выпуск издания «Ученые записки», открыл медико-биологическую лабораторию. Благодаря помощи Российской Федерации, в рамках Инвестиционной программы содействия социально-экономическому развитию Республики Южная Осетия на 2015—2017 гг. на месте сожженного в августовской войне 2008 года здания университета был возведен новый Университетский комплекс, ставший одним из наиболее знаковых проектов инвестиционной программы.
В 2014 году указом Президента Республики Южная Осетия Л. Х. Тибилова Юго-Осетинский научно-исследовательский институт и Юго-Осетинский государственный университет им. А. Тибилова были выведены из ведомственного подчинения Министерства образования и науки Республики Южная Осетия. Тем же указом Юго-Осетинский научно-исследовательский институт получил статуса государственного бюджетного научного учреждения при Президенте Республики Южная Осетия, а Юго-Осетинский государственный университет приобрел статус автономной организации высшего профессионального образования13.
Таким образом, итогом реформирования системы образования в Южной Осетии в поздний постсоветский период стали закрытие нескольких государственных школ, открытие частных школ, преобразование Юго-Осетинского государственного педагогического института в Юго-Осетинский государственный университет, преобразование Цхинвальского сельскохозяйственного техникума в Цхинвальский многопрофильный колледж.