В системе образования возникло очень много проблем, решать которые приходилось с привлечением международных гуманитарных организаций. В стране была острая нехватка учебников, канцелярских принадлежностей, методической литературы. Об оснащении предметных кабинетов можно было только мечтать. Кандидат исторических наук Р. Х. Гаглойты, возглавлявший образовательное ведомство Южной Осетии в конце 90-х начале 2000-х, назвал этот период настоящим испытанием на выживание для всех работников сферы образования и образовательных учреждений Южной Осетии12. Тем не менее, учебный процесс прерывался только во время сильных обстрелов, которым подвергались и здания образовательных учреждений. «Окна многих школ были изрешечены пулями, осколками, либо выбиты взрывной волной. На стенах были отметины и пробоины от пуль и снарядов. Но учителя вместе с учащимися стойко переносили все испытания и лишения. И взрослые, и дети понимали, что время военное, и надо выстоять», – вспоминал Р. Х. Гаглойты в одном из своих интервью.
Несмотря на все сложности, в стране открылись первые частные образовательные учреждения – православная гимназия «Рухс», школа «Альбион», школа «Эрудит». В то же время открылся и единственный в стране государственный Лицей искусств. Частные школы сразу же стали пользоваться большой популярностью, несмотря на высокую для этого времени стоимость обучения. Одновременно происходила дифференциация школ по социальному составу учащихся и качеству получаемого образования, что не совсем соответствовало цели перемен. В новоиспеченных образовательных учреждениях поддерживалась строгая дисциплина, по уровню знаний учащиеся частных школ резко отличались от учащихся государственных школ.
В 1990-ые годы в сложном положении оказалась и система дошкольного образования. Детские сады не отапливались, в них не было элементарных удобств. Основной задачей дошкольных учреждений была подготовка дошкольников к успешному их переходу к обучению в школе. Воспитатели, несмотря на сложности, справлялись с этим хорошо. Для многих семей, получающих мизерную заработную плату раз в полгода, которую ни на что не хватило, детский сад был спасением.
В 1990-ые годы в учреждениях среднего профессионального образования резко сократилось количество студентов. Уже тогда предпринимались меры по изменению типа образовательных учреждений – сельскохозяйственного техникума и медицинского училища. Музыкальное и художественное училища в силу своей специфики продолжали свою деятельность в то время без особых потерь – число обучающихся оставалось на прежнем уровне. В Цхинвальском сельскохозяйственном техникуме резко снизилось количество студентов. Лишь в 2010 году в рамках реформы системы образования Цхинвальский сельскохозяйственный техникум был преобразован в многопрофильный колледж. Это было связано с необходимостью соответствовать современным требованиям и расширить спектр образовательных направлений, включив в него не только сельскохозяйственные, но и другие востребованные специальности. Тогдашний министр образовательного ведомства А. К. Джиоева внесла большой вклад в развитие колледжа, сделав образовательное учреждение привлекательным как для абитуриентов, так и для граждан разных возрастных категорий. Новое учреждение стало называться Цхинвальским многопрофильным колледжем и начало готовить специалистов по 13-ти направлениям.