Для всех христианских общин посещения любимого архипастыря были праздником – радостной встречей с любящим отцом. Причем любовь владыки Николая не ограничивалась кругом его паствы – она простиралась и на язычников. Так, когда в 1891 году было большое землетрясение в трех провинциях (Тифу, Айчи и Мие), он собирал пожертвования от христиан других провинций, приезжих русских туристов и через своих помощников-японцев раздавал их всему пострадавшему населению.
Благодаря самоотверженным трудам святителя, с каждым годом все успешнее развивалось миссионерское дело в Японии, строились новые храмы, ежегодно присоединялось к Церкви до тысячи человек, но разразившаяся в 1904 году Русско-японская война поставила под удар само существование Японской Церкви.
Отношения России и Японии можно проследить с XVIII века – они никогда не были безоблачными. Первоначальные попытки России при Петре I, а затем при Екатерине II установить дипломатические отношения с Японией успехом не увенчались.
Следующая попытка, предпринятая при Александре I, закончилась серьезным конфликтом. Посланный в Японию камергер Николай Резанов вел себя достаточно вызывающе – он был грубо выдворен из Японии. После этого, он, обладая значительным влиянием и властью, решил мстить Японии, тем паче, что взаимные территориальные претензии относительно Курильских островов и острова Сахалина имели место быть уже тогда. Резанов приказал морским офицерам, служащим на его собственных кораблях, заняться каперством в отношении сахалинских японцев – в то время часть острова Сахалин принадлежала Японии. Приказ Резанова был исполнен командиром фрегата «Юнона» Хвостовым – он в 1806 году сжег японские хлебные склады у губы Анива. На следующий год каперская эпопея была Хвостовым продолжена. Он, по-прежнему командуя судном «Юнона», в сопровождении тендера «Авось» под начальством мичмана Давыдова отправился к острову Итуруп, где сжег два японских селения – Найбо и Сяна. Оттуда он направился к острову Матсмая, где захватил японские грузовые суда, которые были отведены в Охотск. На этом каперская эпопея была окончена – Хвостова и Давыдова отозвали в Санкт-Петербург, где отдали под суд за самовольные действия. Главный виновник – Резанов – к тому времени скончался.
Однако, Япония приняла собственные ответные действия. В 1811 году шлюп «Диана» под командованием капитана В. М. Головнина проводил гидрографическое описание Курильских островов. На острове Кунашир капитан Василий Головнин, два офицера и четверо матросов были захвачены в плен японским гарнизоном Кунашира и перевезены на остров Хоккайдо, где содержались в тюрьме близ города Мацумаэ.