Неожиданно слухи об этом деле дошли до императора. Вспомнив любимого воспитанника инженерного училища, он приказал митрополиту Московскому вызвать игумена Игнатия не в Москву, а в Петербург. Святитель Филарет, исполняя волю императора, официальным письмом от 15 ноября 1833 года на имя вологодского Владыки Стефана просил его как можно скорее отправить игумена Игнатия прямо в Петербург, а частным письмом своим к игумену Игнатию требовал, чтобы он, нисколько немедля, прибыл к нему в Петербург на Троицкое подворье. «Это распоряжение должно быть исполнено безотлагательно, – писал Московский владыка, – потому что это воля не моя».
27 ноября игумен Игнатий сдал Лопотов монастырь своему казначею, а 30 ноября выехал в Петербург. Приехав в столицу, игумен Игнатий немедля отправился к митрополиту Филарету, который приютил его на своем Троицком подворье.
Через несколько дней состоялась его встреча с императором Николаем I. Вот как сам святитель Игнатий описывал ее: «12 числа сего месяца, вечером в шесть часов представлялся я государю императору наедине в его кабинете. Трогательно было и интересно сие представление. Государь обнял меня, я его; он повторял: «Друг мой! Друг мой!» – я кричал: «Отец мой! Отец мой!» Изволил подробно расспрашивать о обстоятельствах моей жизни в монашестве… Наконец, объявил мне свою волю, чтобы я оставался близ Петербурга в Сергиевой пустыни. При этом государь сказал: «Ты мне нравишься, как и прежде! Ты у меня в долгу за воспитание, которое я тебе дал, и за мою любовь к тебе. Ты не хотел служить мне там, где я предполагал тебя поставить, избрал по своему произволу путь, – на нем ты и уплати мне долг твой. Я тебе даю Сергиеву пустынь, хочу, чтоб ты жил в ней и сделал бы из нее монастырь, который в глазах столицы был бы образцом монастырей»». Затем император повел игумена на половину к императрице Александре Федоровне. Войдя к ней, спросил ее: «Узнает ли она этого монаха?» На отрицательный ответ он назвал игумена по фамилии. Она очень милостиво отнеслась к своему бывшему пансионеру и просила благословить всех ее детей.
Вскоре – 1 января 1834 года, в Казанском соборе, игумена Игнатия возвели в сан архимандрита – ему было неполных 27 лет. А 5 января архимандрит Игнатий выехал в свою обитель в сопровождении Чихачева и только что принятого в келейники юноши Иоанна Малышева, который впоследствии, через двадцать три года, сделался преемником своего старца.