Начало настоятельства в Сергиевой пустыни
Желание о. Игнатия переселиться из Лопотова монастыря имело в основании чисто физическую причину. Его болезненному организму нужен был климат если не южный, то, по крайней мере, сухой, а не болотистый. Местность Сергиевой пустыни в климатическом отношении был даже хуже, чем Лопотов монастырь. Береговая сторона Финского залива, волны которого разливаются в виду самой обители, никак не могла служить к восстановлению физических сил.
К столетию своего существования Сергиева пустынь была совершенно запущенной, как в духовном, так и в материальном отношении. Вот как сам святитель Игнатий писал о вверенной ему обители: «Непостижимыми судьбами Промысла я помещен в ту обитель, соседнюю северной столице, которую, когда жил в столице, не хотел даже видеть, считая ее по всему несоответствующею моим целям духовным».
К моменту назначения архимандрита Игнатия настоятелем Сергиевой пустыни здания монастырские, начиная с церкви преподобного Сергия, были давно запущены. Из-за разрухи келейных корпусов вся братия помещалась в инвалидном доме, устроенном при монастыре на иждивение графов Зубовых и состоящем на их содержании. В Троице-Сергиевой пустыни не было никакого монастырского хозяйства и даже земля, на которой был расположен монастырь, не имела ни одного межевого столба. Не лучше обстояло дело и с вверенной архимандриту монастырской братией – все братство обители состояло из тринадцати человек: восьми монашествующих, трех послушников и двух подначальных. И несмотря на такое незначительное число братии, в среде их не было порядка.
Молодому настоятелю предстояло сделать многое. Нужно было возродить духовную жизнь, упорядочить материальную сторону обители и восстановить внешний и внутренний порядок. Как и в Лопотовом монастыре, архимандрит Игнатий начал возрождение обители с упорядочения богослужения. Он сам старался подавать братии пример чинного и уставного совершения служб. При содействии Михаила Чихачева в Троице-Сергиевой пустыни был устроен монастырский хор. К устроению богослужебного пения святитель Игнатий привлек также лучших композиторов своего времени: о. Петра Турчанинова, М.М. Глинку, А.Ф. Львова.
Поскольку для торжественного совершения богослужений необходим благоустроенный храм, то о. Игнатию практически сразу после вступление в должность настоятеля пришлось озаботиться ремонтом храма в честь преподобного Сергия, в котором оказались годными только одни стены. После ремонта храма также были отремонтированы келейные корпуса.