Еще в 1638 г. Я. А. Коменский в «Великой дидактике» указывал на необходимость наличия в школе небольшого сада, «куда следует иногда пускать учащихся и предоставлять им возможность наслаждаться зрелищем деревьев, цветов и трав». «Важнейшим воспитательным средством» считал садовые работы Ж. Ж. Руссо (1761 г.).
В России один из первых школьных садов появился в 18 в. в Петербурге при Шляхетском корпусе. В этом саду были представлены коллекции лекарственных и культурных растений. В Царскосельском лицее во времена А. С. Пушкина уже существовал ботанический сад, созданный по системе Линнея, в нем каждый воспитанник имел свой собственный небольшой отдельный садик.
С начала 60-х гг. 19 в. крупные педагоги стали усиленно пропагандировать устройство школьных садов в учебных целях. Н. Варнек в статье, опубликованной в «Журнале Министерства просвещения», писал о необходимости создания при каждой гимназии небольшого сада. Н. И. Раевский не только рекомендовал в своем учебнике ботаники устройство школьных садов, но и сам занимался организацией ботанического сада при Псковском реальном училище. В то же время А. Я. Герд создает учебный сад при колонии малолетних преступников на Охте, а Н. П. Животовский – при Белевском реальном училище и при Педагогическом музее военно-учебных заведений в Петербурге. В этом саду проводились экскурсии школьников Петербурга. Судя по планам и описаниям – это были миниатюрные ботанические сады, где по семействам высаживались и высеивались почти исключительно дикорастущие растения. При этом учитывались их эстетические качества, а также экологические требования к местам произрастания. В конце 19 в. имели место попытки через сельскую начальную школу поднять культуру сельского хозяйства, используя для этой цели школьные сады.
В 30-е гг. 20 в. на основе обобщения опыта учителей начинает складываться система организации школьного агроботанического участка. Об этом свидетельствует вышедшая в свет в 1935 г. работа Н. М. Верзилина «Агроботанический участок средней школы».