По-настоящему стали обживать земли вокруг Епифани после того, как в середине XVI века их получил в вотчину князь Иван Фёдорович Мстиславский (двоюродный племянник царя Ивана IV). Князь стал переселять сюда казаков и стрельцов, по его инициативе был построен епифаненский острог для защиты от набегов крымских татар. Но они в XVII веке все же несколько раз разоряли эти земли во время своих набегов.
В писцовой книге Епифанского уезда князя Романа Болховского и подьячего Василия Бурцова в 1627 году упоминается «Себинский стан, а в нём пустоши, что были сёла и деревни за помещики в поместьях». Среди прочих владельцев земель отдельно отмечен хозяин вотчины в Себинском стане туляк Демид Широков сын Муромцов, который получил вотчину по грамоте царя Михаила Фёдоровича в 1613 году в награду за ратные подвиги. В документе впервые (как часть владений) упоминается деревня Медведева и земли «на речке Таболе под Себинским лесом». Позже деревня получит второе название – Себино.
Только в XVIII веке жизнь в Тульских землях наконец-то стала достаточно спокойной. По 3-й ревизии населения (1760-е годы) в Себино проживало крестьян и дворовых людей помещиков 146 мужского и 132 женского пола. В селе стояли три господских деревянных дома – генерал-майора Муромцева, подполковника Бибикова и подпоручика Каверина. Вокруг помещичьих домов росли яблоневые сады. По-прежнему отличительной чертой Себино оставался лес, располагавшийся рядом с селом, в котором в основном росли дубы, берёзы, осины.
К концу XIX века за поселением на излучине реки Мокрая Табола окончательно закрепилось название Себино, хотя старожилы уверяют, что когда-то село называлось Старое Медведево (по воспоминаниям уроженки Себино Анны Филипповны Выборновой), по другим данным, просто Медведево. Но это не единственное название села, описанное в его истории. Документально подтверждено, что какое-то время до 1816 года оно именовалось Новосильцевом, так как принадлежало помещику Александру Владимировичу Новосильцеву (согласно «Реестру усадебных наделов и десятин невыкупленных» 1890–1910 годов). Почему и когда село в конце концов получило современное название – Себино – доподлинно неизвестно. Слово «себье» или «себьи» означало в древности деревянные крюки для укрепления сетей на дне моря, но, может быть, это слово не имеет отношения к названию села. Есть ещё одна версия возникновения названия села, якобы оно получило название от имени знатного татарина Себина Бибика, которому какое-то время принадлежала эта местность.