Основная идея «Евангелия от Фомы» заключается в утверждении, что Царство Божие находится не во внешнем мире, а внутри каждого человека. Это подчеркивается в изречении 3, где Иисус говорит: «Когда познаете самих себя, тогда будете познаны, и поймёте, что вы сыны Отца Живого. Но если не познаете самих себя, тогда будете в бедности, и вы сами бедность». Такой подход значительно отличается от канонических евангелий, где спасение связано с верой в искупительную жертву Иисуса и следованием его заповедям. Здесь Иисус изображён не столько как мессия, пришедший для спасения человечества через жертву, сколько как гностический учитель, передающий сокровенные истины тем, кто готов их воспринять.
Текст акцентирует внимание на необходимости активного духовного поиска. В изречении 2 Иисус говорит: «Пусть ищущий не перестанет искать, пока не найдёт. И когда найдёт, он будет потрясён. И когда будет потрясён, он удивится, и станет царствовать над всем». Это изречение отражает идею, что спасение достигается через личный опыт и откровение, а не через догматическое следование религиозным учениям. В этом смысле «Евангелие от Фомы» перекликается с гностической традицией, где путь к Богу лежит через внутреннее познание и самопознание.
Гностическая природа текста выражается также в его дуалистическом восприятии мира. В изречении 29 говорится: «Если плоть возникла ради духа, это чудо. Но если дух возник ради тела, это чудо из чудес. Но я дивлюсь тому, как такое богатство поселилось в такой бедности». Здесь подчёркивается идея, что материальный мир – это лишь оболочка, а истинная цель человека – освободить дух из плена плоти. Гностики верили, что мир, созданный Демиургом (низшим божеством), является несовершенным или даже злым, и только через «гнозис» (тайное знание) можно вернуться к высшему Божеству.
Одним из наиболее мистических и философски насыщенных изречений является изречение 77: «Я – свет, который над всем. Я – всё: из меня вышло всё, и ко мне вернётся всё. Рассекайте дерево – я там, поднимите камень – и вы найдёте меня там». Этот образ Иисуса как всепроникающего света и божественной сущности, присутствующей во всём сущем, представляет его не только как Спасителя, но и как проявление универсального Логоса, что особенно близко к гностическим учениям о всеобъемлющей природе Бога.