.
Расследование обстоятельств дела, показало, что причиной катастрофы послужил целый набор нарушений. Неисправность тормозной системы; превышение скорости движения; отсутствия телефонной связи между двумя паровозами; выявлены неисправности ходовой части, приводящие к раскачке вагона, и состава в целом. Правление дороги, нещадно эксплуатируя персонал, экономило на ремонте подвижного состава; мошенничало с закупками угля (те же лица, что входили в правление дороги, образовали угольную компанию и сами себе продавали бросовый уголь по завышенным ценам, а убыток покрывали казенной дотацией) и закупало материалы низкого качества, или вовсе бракованные. Участок пути Тарановка-Борки, на котором потерпел крушение царский поезд, еще летом того же 1888 г. был признан аварийным, и машинистам рекомендовали тихую езду. Этот отрезок пути был введен в эксплуатацию всего за два года до крушения, но он изначально был уложен с превышением допустимого угла наклона, балласт насыпали меньше нормы, и насыпь постоянно оседала и размывалось дождями. Строили торопливо, шпалы клаки бракованные, слабые, как следует держать рельсы они не могли, а за два года кое-где и вовсе прогнили и рассыпались. Правда, перед проходом чрезвычайного поезда балласт подсыпали, а шпалы заменили, но не новыми, а снятыми с другого участка.
Следствие по этому делу было поручено славившемуся принципиальностью и честностью блестящему юристу А.Ф. Кони (при дворе его недолюбливали из-за дела Веры Засулич: Кони был председателем на суде и допустил ее оправдания). Проведя тщательное расследование А.Ф. Кони пришел к заключению, что причина крушения «представляет сплошное неисполнение всеми своего долга»84 (современный уголовный кодекс квалифицировал бы это как «преступную халатность»). Он решил, что привлечь к суду непосредственно виновных крушения – машинистов, Кроненберга и Кованько, было бы неправильно. Кони замахнулся на высших лиц – Таубе, Шернваля, Черевина, Посьет. Кроме того, он считал необходимым отдать под суд и членов правления Курско-Харьковско-Азовской железной дороги – за хищение и за то, что довели дорогу до опасного состояния.
Привлечь к суду персонал такого ранга было делом беспрецедентным. В железнодорожном ведомстве прочно укоренилась положение, согласно которой любую ответственность за аварии несли железнодорожные служащие, но никак не собственники дорог, какие бы злоупотребления за ними не водились. Власть имущие держали оборону нападением. Против Кони стали вести подкопы. Победоносцев докладывал императору, что Кони несет «вредное и разрушительное для православной церкви направление»