Софья-Шарлотта, приехав в Санкт-Петербург, не застала мужа дома, так как он еще в мае вместе с отцом ушел на корабле в Финляндию, а потом по возвращении тотчас же был отправлен на заготовки корабельного леса в Старую Руссу и Ладогу. Царевич вернулся в Санкт-Петербург только в середине лета и очень обрадовался встрече с женой, которую не видел почти целый год.
Последний год, проведенный под присмотром царя, окончательно показал, что сын и отец – совсем разные люди. Алексей делал все, что ему приказывал отец, но делал это исходя не из своих внутренних убеждений, а из-за страха перед ним. Петра же не устраивало окружение его сына, в его пребывании более церковном, нежели государственном деле.
Требовательность отца тяготила Алексея, и он делал все, чтобы уклониться от, как ему казалось, ненужных и бесполезных для него занятий, а главное от опеки отца. Об их отношениях красноречиво свидетельствует один инцидент, произошедший вскоре после возвращения Алексея в Санкт-Петербург. Пётр попросил его принести чертежи, которые тот делал, находясь в Германии на учебе. Алексей же чертил плохо, а за него эту работу выполняли другие. Испугавшись, что Пётр заставит его чертить при себе, царевич решил покалечить правую руку и попытался прострелить ладонь из пистолета. Пуля пролетела мимо, но ладонь сильно обожгло пороховыми газами, и рука все же оказалась повреждена. Это стало последней каплей терпения для Петра, и он перестал общаться с сыном.
Не лучшим образом складывались отношения Алексея со своей супругой, в лице которой царевич увидел черты своего отца. Шарлотта, будучи лютеранкой, так и осталась при своем лютеранском вероисповедании и в привычном для нее окружении. Ее двор был целиком составлен из иностранцев и жил по своим западноевропейским правилам. Германская кронпринцесса не стремилась стать русской, принимать культопоклонническое православие и вживаться в диковатую для нее культуру русских нравов. Несмотря на это, 12 июля 1714 г. Пётр I стал дедом, у Алексея и Шарлотты родилась дочь, Наталья. В это время Алексей завел роман с крепостной служанкой своего первого учителя Никифора Вяземского – Ефросиньей Фёдоровной, влюбившись в нее до такой степени, что впоследствии он просил даже позволения жениться на ней, предварительно выкупив Ефросинью и ее брата Ивана на волю у их хозяина. Пока же Алексей поселил свою любовницу в их большом доме, где супруги проживали по его разным сторонам, встречаясь друг с другом не чаще одного раза в неделю.