Спустя семь лет, Указом Президента было образовано Министерство образования, науки и молодежной политики Республики Южная Осетия путем объединения Министерства образования и науки с Министерством по делам молодежи, спорта и туризма Республики Южная Осетия. И вновь через три года, в 2012 году, из ведения Министерства исключены молодежная политика, спорт и туризм, и Министерство образования, науки и молодежной политики Республики Южная Осетия становится Министерством образования и науки.
После распада СССР, 10 июля 1992 года был принят Закон РФ «Об образовании», который заложил нормативно-правовую базу российской системы образования в период становления новой российской государственности, что способствовало сохранению и защите системы образования11. Согласно этому закону, школа стала называться образовательным учреждением, разрабатывающим и реализующим одну или несколько образовательных программ и обеспечивающим содержание и воспитание учащихся. Были определены типы образовательных учреждений: дошкольные, общеобразовательные (начального общего, основного общего, среднего (полного) общего образования); учреждения начального, среднего, высшего профессионального образования; специальные (коррекционные) учреждения для воспитанников с ограниченными возможностями, для детей-сирот и детей, оставшихся без попечения родителей, а также учреждения дополнительного образования для детей и взрослых. Закон предоставил возможность образовательным учреждениям разрабатывать образовательные программы и учебные планы. В результате с начала 1990-х годов в педагогической практике сложилось множество типов образовательных учреждений (гимназии, лицеи, колледжи, негосударственные школы и др.), работающих по своим собственным учебным планам и программам, обладающих большой автономией. Все это перешло и в систему образования Республики Южная Осетия, единственным «маяком» которой после провозглашения независимости от Грузии стала Российская Федерация.
Педагогическое сообщество Южной Осетии изо всех сил старалось сохранить существующий порядок и дисциплину в учебном процессе. Сложная военно-политическая ситуация очень мешала этому, однако удалось сохранить школы и определенный уровень образования. Без преувеличения, о героическом поведении педагогических коллективов, «катализатором» которого стали любовь к родине и забота о подрастающем поколении, можно писать бесконечно.